Beethoven est un St Bernard échappé du chenil d'un vétérinaire sadique. Amaigri et crotté, il se réfugie chez les Newton. Il retrouve peu à peu la forme, et ce bulldozer de 85 Kgs, débordant d'amour et de vitalité, aussi envahissant qu'adorable et coûteux, va très vite se révéler indispensable aux trois enfants de la famille.

Beethoven, l'encombrant St-Bernard des Newton, se sent un peu seul. Il rencontre la plus belle chienne du monde, Missy, qui lui donne 4 petits chiots et que les enfants Newton enlèvent à leur horrible maîtresse Régina pour les adopter. Mais Régina retrouve les petits et s'en empare pour les revendre à un chenil...

La famille Newton s'apprête à traverser le pays en camping-car pour se rendre à une réunion de famille. Pour Richard, le père, c'est l'occasion de passer des vacances de rêve. Mais le reste de la famille n'est pas très enthousiaste, jusqu'à l'apparition d'un passager inattendu. Beethoven, cet énorme et adorable chien baveux qui les accompagne tout au long de leur périple, va bientôt déclencher une série de catastrophes. Mais alors que des voleurs menacent les Newton, Beethoven se lance à leur poursuite et gagne pour toujours une place dans le coeur de sa nouvelle famille...

La famille Newton est de plus en plus agacée par le manque de discipline de Beethoven. De peur que leur fidèle compagnon ne soit envoyé à la campagne, les enfants décident alors de l'inscrire secrètement dans le centre de dressage du Sergent Rukedge. Arrivés au parc, ils ont la surprise de croiser un chien de la même race. Un Saint Bernard, parfaitement dressé, dont les propriétaires sont les Segdwick, une famille particulièrement aisée. Lors d'une promenade, Beethoven s'échappe et se retrouve confondu avec Michelangelo, qui lui ressemble comme un frère jumeau. Alors que les Newton ne comprennent pas comment leur chien est devenu soudainement si obéissant, le vrai Beethoven fait des ravages dans la demeure de la riche et arrogante famille Sedgwick...

Sara Newton, la plus jeune de la famille, est envoyée avec Beethoven chez son oncle Freddy pour passer les vacances d'été dans une petite ville tandis que Brennan, son frère aîné, part camper et que leurs parents, Beth et Richard s'offrent une seconde lune de miel, pour le moins méritée. L'oncle Freddy, le frère de Beth, se montre à la fois irresponsable et charmant. Il tient un garage. Cedar Woods est une petite ville connue pour son golf et, surtout, pour un mystère, datant des années 20, qui n'a jamais été résolu. Cette énigme implique un couple, Stella et Moe Selig, surnommés «les escrocs polis».